副本系统分为主线副本和活动特殊副本，活动特殊中有紧急副本、曜日副本、突袭副本、降临副本和其他种类可供选择。
1.主线副本
主线副本是重要的一环，完成主线任务可以获取魔物，帮助玩家冲锋陷阵。
2.紧急副本
紧急副本是用来获取强化素材（强化用波波龙）的关卡。
3.曜日副本
曜日副本是用来获取进化素材以及大量金钱的关卡，于每周定期举行。
4.突袭副本
突袭副本是波可龙迷宫中举行的活动任务，等级分为初级、中级和上级，开放时间通常为一星期，全天开放。
5.降临副本
降临副本是波可龙迷宫中举行的活动任务，难度相对高些。开放时间为：周一至周五12:00~15:00、19:00~24:00；周末：12:00~24:00。
6.其他
其他副本是波可龙迷宫中需消耗彩虹结晶或精灵钥匙才能开启的特殊任务。
